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質控菌株基本分為兩類：
一類滿足低濃度接種量需求，含菌量一般為＜100cfu，為各類微生物培養基促生長實驗，微生物實驗陽性對照、無菌工藝模擬試驗中培養基靈敏度檢查，無菌或微生物限度檢查實驗方法學驗證等的接種量需求。
另一類為滿足高濃度接種量需求，含菌量一般在105-106cfu，為對防腐劑、抑菌劑及消毒劑等抗微生物活性物質的效能測試或挑戰實驗，該類實驗對微生物有下降幾個對數降的統計需求，因此需要相對濃度較高的菌液。
質控菌株*顯著的優勢是以下三點：
1、精確的已知菌株cfu數量，減少實驗失敗率
這點優勢真的非常大，實驗室建立一個各類菌株穩定的稀釋至定量的方法至少需要3~6個月不等，培養人員可有效執行該方法每人基本需要3個月，檢驗所買來菌株的原始情況不一樣，即使同一株菌，一樣的復蘇方法、培養條件、培養時間，同樣的稀釋方法但是不同人稀釋出來的菌量還是不一樣，每個微生物實驗室肯定遇到過當天稀釋加入供試品后發現第二天計數結果超限，或者當天計數第二天放在冰箱里取出的菌液里的菌株都死光了沒有出現該有的陽性反應的情況，這些實驗都是需要重做的，如果是原料檢驗或者是成品檢驗就比較難交代了，因此質控菌株的可穩定定量這個特性顯得對實驗室尤為有意義，這使得微生物實驗的成功率大大提高。
2、質控菌株的cfu數量穩定，縮小樣本間差異
這點在做微生物各類驗證中非常有用，因為要做各類樣本的對比，如果加入菌株的量差距越小，對于結果的評價就更為準確，比如供試品陽性實際加入量為10cfu，陽性對照實際加入量為90cfu，雖然都滿足＜100cfu，但是對于最終微生物生長的判斷就會帶來一定問題，如果是無菌檢查等僅看菌株長勢的實驗，可能就會有生長微弱和良好的不同判斷，同樣對于定量實驗也可能會對實驗回收率產生影響。但如果使用質控菌株即可更準確的進行結果判斷，規避此類問題。
3、極大減少實驗準備時間，易使用降成本
傳統菌株實驗需要經過菌株復蘇、培養、稀釋等過程，還需要準備培養基、耗材配合實驗，如黑曲霉光復蘇完培養就需要5-7天，再加做實驗，最少也要從7天之前開始準備了，但是質控菌株實驗只需要無菌水及人員有一定無菌操作能力加上使用移液槍的能力即可，對于銅綠、黑曲霉等實驗控制難度較大的菌株也不需人員再費時練習，普通實驗室人員即可勝任，從另一方面考慮其實也可降低人員成本。
